為適應現代化醫院建設的需要，固始中醫肛腸醫院圍繞肛腸疾病的診療過程設置了檢驗科、病理科、影像科、藥劑科等多個科室，配置了國內外先進的醫療設備，如貝克曼庫爾特AU680生化分析儀、ADVIA CentaurXP全自動組化分析儀、GE Definium 6000數字化攝影系統。此外，醫院還設有中醫科，利用中西醫結合的優勢來治療肛腸疾病，具有顯著療效。
